La purification d’une protéine consiste en sa séparation des autres constituants de la cellule, ni plus ni moins. Il y a gros à parier que votre protéine de prédilection sera une entité noyée dans la masse de toutes les composantes cellulaires, un peu comme dans le jeu "où est Charlie?"

La purification se fera en plusieurs étapes, chaque étape visant à éliminer telle ou telle classe de contaminant. À chacune de ces étapes, votre protéine sera enrichie par rapport aux autres substances (même si, en termes absolus, la quantité totale de votre protéine va probablement baisser à chaque étape).

En bout de course, cependant, vous aurez entre vos mains une protéine extrêmement enrichie (allez, ne soyons pas modestes et disons-la purifiée) qui vous permettra de vous livrer à vos expériences, qu’il s’agisse de cinétiques enzymatiques si c’est l’activité de la protéine qui vous intéresse, ou qu’il s’agisse d’études structurales si l’architecture moléculaire est votre passion.

Pour être d'une quelconque utilité, notre protéine purifiée devra avoir conservé une certaine intégrité; il faut donc lui éviter autant que possible les différents traumatismes qui pourraient l’endommager pendant la purification. Pour une activité enzymatique, nous voulons surtout préserver la fonction de la protéine, même si sa structure a un peu pâti; à l’inverse, pour des études structurelles, nous voulons une structure intacte même si l’activité n’y est plus. L’idéal reste évidemment de tout préserver! Heureusement, plusieurs précautions peuvent nous aider à atteindre ce but. Les sections suivantes vous permettrons d'en savoir un peu plus sur les méthodes utilisées pour purifier les protéines.