Étant déjà familiers avec plusieurs enzymes, vous aurez remarqué que le nom de la plupart d'entre eux se termine par le suffixe "-ase" et que le reste du nom nous donne une idée générale de ce que fait cete enzyme -et c'est très bien ainsi. De cette manière, nous avons une assez bonne idée de ce que va faire une DNA polymérase même si nous n'avons jamais travaillé avec ou même lu quoi que ce soit à son sujet.
Des noms comme polymérase, phosphatase, kinase etc. sont cependant des noms familiers, ou usuels, et non des noms systématiques. La nomenclature officielle des enzymes, elle, a été établie par la Commission des Enzymes (EC), un organisme tributaire de l'union Internationale de Biochimie et de Biochimie Moléculaire (IUBMB). Cette nomenclature officielle nous permet d'avoir une référence unique à l'échelle mondiale pour la désignation des enzymes. L'histoire du développement de cette nomenclature est en elle-même une épopée que vous pouvez lire sur le site de l'IUBMB.
Là où la nomenclature officielle diffère sensiblement de la nomenclature usuelle, c'est qu'elle désigne les enzymes en fonction des réactions qu'ils catalysent et non en fonction de la molécule qui possède l'activité enzymatique. Ainsi, les ARN polymérases I, II et III, que nous distinguons en biologie parce que ce sont trois complexes moléculaires différents qui sont responsables, respectivement, de la transcription de l'ADN en ARN ribosomique (I), en ARN messager (II) ou en ARN de transfert, ARN ribosomique 5S et autres petits ARNs (III). Pour la Commission des Enzymes, ces trois entités ne sont qu'une seule et même activité enzymatique, responsable du transfert de nucléotides triphosphates sur une chaîne de nucléotides:
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EC 2.7.7.6
Common name: DNA-directed RNA polymerase
Reaction: nucleoside triphosphate + RNAn = diphosphate + RNAn+1
Other name(s): RNA polymerase; RNA nucleotidyltransferase (DNA-directed); RNA polymerase I; RNA polymerase II; RNA polymerase III; RNA nucleotidyltransferase (DNA-directed); C RNA formation factors; deoxyribonucleic acid-dependent ribonucleic acid polymerase; DNA-dependent ribonucleate nucleotidyltransferase; DNA-dependent RNA nucleotidyltransferase; DNA-dependent RNA polymerase; ribonucleate nucleotidyltransferase; ribonucleate polymerase; C ribonucleic acid formation factors;ribonucleic acid nucleotidyltransferase; ribonucleic acid polymerase; ribonucleic acid transcriptase; ribonucleic polymerase; ribonucleic transcriptase; C RNA formation factors; RNA nucleotidyltransferase; RNA transcriptase; transcriptase
Systematic name: nucleoside-triphosphate:RNA nucleotidyltransferase (DNA-directed)
Comments: Catalyses DNA-template-directed extension of the 3'- end of an RNA strand by one nucleotide at a time. Can initiate a chain de novo. In eukaryotes, three forms of the enzyme have been distinguished on the basis of sensitivity to a-amanitin, and the type of RNA synthesized. See also EC 2.7.7.19 (polynucleotide adenyltransferase) and EC 2.7.7.48 (RNA-directed RNA polymerase).
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Le code qui permet de désigner un enzyme de façon systématique a la forme
EC (chiffre de 1 à 6) . (chiffre). (chiffre). (chiffre)
"EC" désigne la commission des enzymes. Le premier chiffre classe l'enzyme dans l'une des sept classes d'enzymes:
1: Les oxydoréductases, qui catalysent des transferts d'électrons;
2: Les transférases, qui catalysent les transferts de groupements;
3: Les hydrolases, qui catalysent des réactions d'hydrolyse;
4: Les lyases, qui catalysent l'addition de groupes à des liens doubles ou l'inverse;
5: Les isomérases, qui catalysent le transfert de groupes dans une même molécule pour produire des formes isomères (la conversion d'un acide aminé L en acide aminé D' par exemple);
6: Les ligases, qui forment des liens C-C, C-S, C-O et C-N lors de réactions de condensation couplées à l'utilisation d'ATP.
7: Les hydrolases, qui font passer des molélcules d'un côté à l'autre d'une membrane.
Les autres chiffres désignent des sous-classes pour chaque enzyme; ils permettent de savoir que telle transférase ajoute un groupement hydroxyl à une molécule de glucose, par exemple.
benoit.leblanc@usherbrooke.ca